All'esterno questa Chiesa quattrocentesca rivela un primitivo nucleo romanico, avvertibile chiaramente nel campanile, nella prima cappella a sinistra e nella profonda abside monastica posta in capo a due crociere goticheggianti.

All'interno, pur con innovazioni barocche, non è stato alterato del tutto il senso dei primitivi volumi romanico - rinascimentali. Senza dubbio l'aspetto attuale non è certo quello primitivo avendo subìto - come del resto tante altre chiese- le conseguenze delle mutate esigenze.

Entrando a sinistra c'è la Cappella del Crocifisso con la "Crocifissione", riportata nella parete di fondo al di sopra dell'altare, risalente alla fine del 1300 con una serie di affreschi: l'Annunciazione, la Natività e figure di Profeti.

Le più ampie Cappelle dell'unica navata davanti al presbiterio sono ambedue dedicate alla Vergine: Madonna dell'Addolorata, a sinistra e Madonna del Carmine, a destra.

Esistono poi due zone della Chiesa ricche di affreschi e poste a fianco della Cappella della Madonna del Carmine chiamate della "Sacra Famiglia" e della "Pietà".

Davanti all'arco trionfale sono sistemati due altari rispettivamente dedicati a Santa Teresa e al Sacro Cuore.

Oltre al bell'organo risalente al 1671, l'interno del Santuario mostra componenti di arte lignea intarsiati di particolare bellezza datati 1687 e attribuiti al valente artista varesino, Bernardino Castelli, quali la cantoria lignea, i confessionali e il pulpito, recentemente restaurati e restituiti alla loro primitiva bellezza.