Tra il 1525 e il 1528 Giorgio De Serono dipinse sul muro di un'edicola la dolce immagine della Madonna col Bambino benedicente detta "Madonna del Fiume" per la relativa distanza dal medesimo e per un fatto miracoloso. In seguito, sia per un fatto miracoloso sia in conseguenza dei numerosi favori ottenuti per Sua intercessione, fu chiamata Madonna delle Grazie.

Dopo l’alluvione del 1515, ed in particolare del 1541 quando il fiume Albano straripò portando via la cinta del vigneto del buon Tommaso Scanagatta, la Cappellina che ne faceva parte rimase sola, ritta, intatta, come sospesa nel vuoto. Circostanza questa confermata nel 1766 quando a 225 anni di distanza nel sostituire il vecchio altare ci si rese conto che il pezzo di muro sul quale poggiava non aveva fondamenta alcuna e posava su ciottoli e terriccio.

Nel 1553 attorno all’affresco miracoloso fu costruito un piccolo tempio, in seguito demolito per costruirne uno più ampio.

Nel 1602 si costruirono le Cappelle dell’ultima Cena e della Crocifissione.

Nel 1619, a cura di Mons. Giovanni Battista Scanagatta la Cappella di S. Francesco, e, a spese dell’Associazione degli emigranti dell’Alto Lario in Sicilia, quella di S. Antonio.

Nel 1607, per iniziativa di Tomaso Scanagatta, fu iniziata la costruzione del Convento composto da due chiostri: il primo servì da cimitero. Nel corridoio di questo primo chiostro Fra Emanuele da Como dipinse tra il 1651 e il 1654 la vita di S. Francesco e le figure dei Santi dell’Ordine.

Al piano terreno, nel refettorio, si può ammirare un bel lavoro di Fra Girolamo Cotica da Premana riproducente l’Ultima Cena di Gesù che occupa tutta la parete.

Al piano superiore vi sono 25 Cellette, un piccolo Oratorio con in fondo l’accesso alla Biblioteca, iniziata con la costruzione del Convento, ricca di oltre 23.000 volumi fra cui numerosi incunaboli e cinquecentine: una Bolla di Papa Innocenzo XI scomunica chi oserà asportare tali libri.

Le vicende politiche all’inizio del 1800 allontanarono i frati da Dongo, ma la generosità della famiglia Polti-Petazzi riscattò il Convento e gli eredi Manzi lo restituirono ai Frati Francescani.

I Frati Minori Francescani, custodi del Santuario della Venerata Madonna delle Lacrime di Dongo, continuano da sempre la loro opera significativa a favore della Gente sia nel tessuto sociale che religioso con la pubblicazione dei "Quaderni" della Biblioteca del Convento, ben curati da Padre Edoardo Marcellino Ripamonti.

Il 21 ottobre 1945 la Madonna delle Lacrime, venerata nel Santuario mariano di Dongo, meritò la Seconda Incoronazione da parte del Card. Schuster, come ringraziamento per la fine della II guerra mondiale.