Fu la Confraternita delle «Anime Purganti», fondata nel 1748, a costruire, a dieci anni dalla sua erezione, l’«Oratorio del Suffragio», dedicato in seguito alla «Madonna di Caravaggio», la cui tela, donata alla chiesa dalla famiglia Crivelli nel 1760, è opera di Bartolo Chizoleti di Crema.

Si tratta di una pittura dai caratteri popolari che ripresenta, con tocchi originali e con scelte personali, il fatto miracoloso cui si ricollega la storia del santuario di Caravaggio nel nord Italia. (Apparizione della Madonna il 26 maggio 1432   a una giovane contadina, tribolata dalla miseria e dal comportamento cattivo del marito, sui prati di Massalengo). Questo oratorio di Stabio, situato in posizione obliqua rispetto alla chiesa parrocchiale, è un’aula tardo barocca dall’interessante facciata convessa a due ordini di pilastri.

Accanto al lato sinistro s’innalza il piccolo e slanciato campanile. Su una tribuna lignea, accessibile da scalette laterali, sta la grande statua in legno della «Madonna di Caravaggio», scolpita da Giuseppe Conza di Rovio nel 1882. La costruzione di oratori o cappelle accanto alla chiesa parrocchiale è scelta frequente, come annota il Mondada: «A sottolineare il carattere e la funzione meditativa del sagrato non vi mancano a volte le stazioni della Via Crucis o qualche altra cappella.